Os dois termos são usados para definir a mesma coisa, ou seja, o sistema operativo que usa o kernel Linux, desenvolvido por Linus Torvalds, e diversas ferramentas GNU, desenvolvidas pelo GNU Project, de Richard Stallman.
São ferramentas como o gcc, o compilador C que transforma a linguagem dos programas em linguagem binária, de computadores, Richard Stallman luta para que o sistema tenha o nome de GNU/Linux, mas o facto é que o nome que é mais utilizado é Linux, referindo-se apenas ao kernel, o núcleo do sistema sperativo. Algumas distribuições, como a Debian, prestigiam a visão de Stallman, dando o nome ao seu produto de Debian GNU/Linux, mas a maioria utiliza o nome Linux.
Resumindo: não existe diferença, são apenas dois nomes dados à mesma coisa.
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